Marcotran dispone de más de 30.000 metros cuadrados en Pedrola (Zaragoza), destinados a oficinas, almacenes y talleres, así como 120.000 metros cuadrados para parking vigilado.
La compañía posee una flota compuesta por 540 cabezas tractoras equipados con GPS, GSM y GPRS; 650 megatráilers, 80 frigoríficos y 20 furgones; 53 trenes de carretera con altura interior de 3 metros y capacidad de 120 metros cúbicos; 12 vehículos ligeros tipo carrozado para servicios urgentes nacionales e internacionales; una flota intermodal compuesta por 70 portacontenedores rebajados para contenedores de hasta 45'', cajas móviles de 100 metros cúbicos y una máquina propia de 40 toneladas para manipulación de las cajas.
La antigüedad media de la flota es de 3 años, y toda ella dispone de mantenimiento y revisión permanente en talleres propios. Marcotran cuenta con 110 transportistas autónomos trabajando como subcontratados fijos.